По словам древнегреческого географа Страбона (I в до н. э.), крепость Неаполь построил знаменитый скифский царь Скилур для того, чтобы она служила ему опорным пунктом в борьбе против греков. Вероятно, это не совсем так. Есть основания думать, что позднескифские крепости возникли гораздо раньше эпохи Скилура (вторая половина II в. до н. э.), а Страбон лишь попытался связать известную ему крепость с именем знаменитого скифского царя.
Согласно херсонесскому декрету в честь полководца Диофанта (конец II в. до н. э.), Неаполь находился где-то в глубине Скифии. Прославленный полководец дважды осаждал эту крепость. Обе компании завершались успехом, и оба раза побежденные скифы признавали над собой власть понтийского царя Митридата VI Евпатора, от имени которого действовал Диофант.
Наибольшего расцвета Неаполь Скифский достиг во II веке до н. э. Считается, что город прекратил своё существование после нашествия готов (III век н. э.), однако он упоминается в качестве действующего города в описаниях походов Святослава Киевского (X век н. э.)