Крупнейшим греческим городом на Таманском полуострове была Фанагория, основанная около 540 г. до н. э. колонистами из города Теос, расположенного на западе Малой Азии (современная Турция), которые оставили родину из-за угрозы подчинения персам. Город получил название по имени Фанагора, предводителя переселенцев-колонистов.
Начав существование как независимый город-государство (полис), Фанагория в начале 5 в. до н. э. была военной силой включена в состав Боспорского царства.
Фанагория была метрополией азиатской части Боспорского царства, а также его важным экономическим и культурным центром.
С конца 2 в. до н. э. по 63 г. до н. э. Фанагория, как и остальные части Боспора, входила в черноморскую державу царя Митридата VI Евпатора (120–63 гг. до н.э.). Именно с Фанагории в 63 г. до н. э. началось восстание боспорских городов против Митридата, приведшее к гибели царя.
В первые века н. э. Фанагория сохранила роль одного из важнейших городов Боспора. Здесь были христианская и иудейская общины. Упадок Боспорского царства в последующие столетия и усиление его варваризации отразились и на Фанагории, которая постепенно теряла черты античного города. В 4 в. Фанагория была разрушена гуннами, но продолжила свое существование.
Начиная с 1936 года до наших дней, здесь каждое лето ведутся научные раскопки. Археологи работают сразу на нескольких участках на территории древнего города: одновременно проводят раскопки в центре античного города, на некрополе (древнем кладбище) и под водой Таманского залива. По словам ученых, там находится третья часть древнего поселения, за две тысячи лет отвоеванной мировым океаном.
Находки археологов начиная с 19 века из раскопок Фанагории сегодня хранятся в таких музеях как Эрмитаж, ГМИИ им. Пушкина, Лувр, музеи Великобритании, Германии и других стран.
Ежегодно фанагорийская экспедиция Института Археологии РАН проводит набор волонтеров для участия в раскопках, и любой желающий может подать заявку, попробовать себя в роли археолога.