Музей в Новороссийске основан 7 июля 1916 г., по инициативе Л. А. Сенько-Поповского – вице-губернатора Черноморской губернии, как Музей природы и истории Черноморского побережья Кавказа. Торжественное открытие экспозиции состоялось 27 декабря 1916 г. Главным источником средств на содержание и развитие музея были добровольные пожертвования лиц, сочувствующих процветанию музея. С установлением Советской власти в Новороссийске музей перешёл в ведение Городского Совета. В организации его работы принимали участие и пополняли его коллекции режиссер В.Э.Мейерхольд и писатель Ф.В.Гладков. С 1921 по 1933 г.г. сначала хранителем, а затем заведующим музеем был Чайковский Георгий Федосеевич, автор многих статей о древностях Анапы и Новороссийска, делегат всех съездов археологов Северного Кавказа. «Главнаукой Новороссийский музей был отнесен к разряду музеев научно-художественных… и внесен список государственных с закреплением за ним предоставленного ему здания, но в виду местного значения музея, передан на иждивение местных средств с возложением на него однако обязанности представлять в Главнауку ежегодный отчет о своей деятельности». К началу Великой Отечественной войны Новороссийский краеведческий музей был крупным научно-просветительным учреждением Кубани. Его фонды насчитывали около 7000 экспонатов, научно-историческая библиотека – 44 500 книг. Экспозиция музея располагалась в шестнадцати залах.