В VI в. до н. э. на восточном побережье Тонкого мыса основана греческая колония Торик (греч.Τορικος). С 45-66 годов н. э. Торик вошёл в состав Боспорского царства. В 63 году до н. э. основан римский порт Пагры. В III веке н. э. многие колонии Боспорского царства гибнут в результате набегов готов.
В IV веке Боспорское царство уничтожено гуннами.В VI веке н. э. происходит укрепление позиций Византии в северо-восточной части Чёрного моря. По свидетельству раннесредневековых авторов, в этот период в геленджикской бухте существовала византийская гавань Ептала.
Позднее, в связи с усилением половцев и притязаний Византии, в конце XI века Тмутараканское княжество перешло под власть византийских императоров (до 1204 года). В этот период, адыги являющиеся коренным населением края, впервые появляются в российских летописях под наименованием касоги, так например в «Слове о полку Игореве», был упомянут Редедя, князь касожский.
В средние века в Крыму и на черноморском побережье Кавказа основываются генуэзские колонии. На месте Геленджика ими был основан торговый порт Мавролако, занимавшиеся торговлей с местными зихами.
В конце XV века поселение вошло в состав Османской империи. В это время Геленджик получил своё нынешнее название.
Второго сентября 1829 года восточное побережье Чёрного моря от устья Кубани до порта Святого Николая (к северу от Батуми) отходит к России по Адрианопольскому мирному договору.